De indirecte aanleiding van het conflict ligt in de genocide in Rwanda in het voorjaar van 1994, waarbij honderdduizenden Tutsi’s en gematigde Hutu’s door Hutu-milities werden gedood. De snelste genocide uit de geschiedenis  was wel bekend bij de internationale politieke buitenwereld, maar veel mensen sluitten hun ogen voor het gevaar. Angst voor een nieuwe afgang deed de VN stilzwijgend toekijken. De vele vluchtelingen uit Rwanda en Burundi vluchtten naar Zaïre, het hedendaagse DR Congo, en verbleven in overvolle vluchtelingenkampen waar veel ziekte, honger en uitputting een levensechte nachtmerrie werd. Door de sterke opmars van het Front Patriotique Rwandais (FPR), een Tutsi-partij die de Hutu’s in Rwanda versloegen, vluchtten ook veel Hutu-rebellen, schuldig aan genocide, naar Zaïre. Deze opmars werd door toenmalig Zaïrees president Mobutu Sese Seko scherp veroordeeld.  In de vluchtelingenkampen waren de Hutu-rebellen in staat te overheersen, wat dus weer leidde tot vervolging van de Tutsi’s; de genocide werd vervolgd in Zaïre.
De vluchtelingenstroom is een belangrijke oorzaak van de burgeroorlog in Zaïre.

De Rwandezen en Burundezen steunden door het leveren van wapens en geld ook de rebellen onder leiding van Laurent-Desiré Kabila. Uiteindelijk slaagde Kabila er in om Mobutu te verdrijven en op 20 mei 1997 nam hij officieel de macht over waarbij het land voortaan de Democratische Republiek Congo zou heten.

Kabila werd er al snel van verdacht even corrupt en autoritair te zijn als zijn voorganger en enkele pro-democratische groepen keerden hem de rug toe. Hierop probeerde Kabila de macht te centraliseren. Hierdoor kwam het conflict in het oosten eigenlijk weer terug.

Vanaf augustus 199

Kabila verwijderde alle Tutsi's uit zijn regering en zette Rwandese en Oegandese functionarissen het land uit. Bijna onmiddellijk hierna kwamen de etnische Tutsi's voor de tweede keer in opstand, gesteund door Rwandese troepen. De Rwandezen beschuldigden Kabila er ook van een genocide uit te voeren tegen de Tutsi's in de Kivu-streek.
Zo brak een oorlog tussen verschillende partijen uit en eind 1998 was de regering van Kabila de controle over meer dan één derde van het grondgebied van Congo kwijt.

Andere staten raakten om verschillende redenen betrokken bij het conflict. Oeganda doet mee vanwege het jarenlange bondgenootschap met Rwanda en om te voorkomen dat Oegandese rebellen zich verschuilen in Oost-Congo. Maar belangrijker is de mogelijkheid om geld te verdienen door de natuurlijke rijkdommen van de streek bruikbaar te maken.
Zimbabwe, geregeerd door president Robert Mugabe, steunt Kabila, gelokt door de natuurlijke rijkdommen van Congo en de mogelijkheid om zijn eigen macht en status in Afrika te verhogen.
Angola, geplaagd door 25 jaar oude oorlog met de UNITA-rebellen, sloot ook een bondgenootschap met Congo om de Angolese rebellen in Congo uit te schakelen, Tsjaad en Namibië sloten zich bij hun bondgenoot Angola aan.
Buiten Afrika blijven de meeste landen neutraal, maar dringen wel aan op een spoedig eind van het geweld.